За два года до событий фильма Final Fantasy: Advent Children миром, в котором происходит его действие, управляла корпорация Син-Ра, могущество которой было основано на переработке жизненной энергии природы («энергии Мако») в электричество. Учёные Син-ра случайно обнаружили тело инопланетного пришельца — Дженовы («матери») и с помощью её клеток создали армию генномодифицированных бойцов — СОЛДАТ, к которым причислял себя и главный герой, Клауд Страйф. Сильнейшим из СОЛДАТ был непобедимый боец Сефирос. В ходе событий игры Сефирос обрёл способности Дженовы, вселившись в её тело (принявшее облик Сефироса же). Сефирос (или, что то же самое, Дженова в этой своей новой ипостаси) убил множество людей, в том числе и главную героиню игры — Аэрис Гейнсборо. Вызвав из космоса гигантский астероид (Метеор), Сефирос попытался уничтожить всю жизнь на планете, чтобы поглотить освободившуюся жизненную энергию и стать «Богом». Тем не менее, героям удалось уничтожить Сефироса и тело Дженовы, после чего Поток Жизни уничтожил Метеор.
Краткое изложение
После финала игры по Планете распространяется странная болезнь Геостигма, ей заболевает и Клауд Страйф. Он сталкивается с тремя загадочными «призраками» Сефирота — Кадажем, Язу и Лозом. Последние пытаются вернуть к жизни «Мать»-Дженову. Основная их цель — поиск отрубленной Сефиросом головы «Матери», пережившей уничтожение её тела в финале Final Fantasy VII, но также они похищают больных Геостигмой детей, надеясь использовать их для Воссоединения — воскрешения «Матери». Клауд и его друзья вынуждены несколько раз сражаться с ними, сначала защищая себя, затем пытаясь спасти детей. В итоге голова «Матери»-Дженовы в контейнере всё же попадает в руки к Кадажу, и Воссоединение на основе тела Кадажа и клеток Дженовы из контейнера действительно происходит — однако вместо «Матери» на свет является воскресший Сефирос (поскольку Дженова и Сефирос — сущности уже неразделимые). В битве с Сефиротом Клауд побеждает, после чего Сефирос снова уходит в небытие, превращаясь в умирающего Кадажа. Продолжающая существовать в Потоке Жизни Аэрис Гейнсборо от лица Планеты снова вмешивается в ход событий, обрушивая на мир исцеляющий дождь, полностью излечивающий Геостигму. Клауд, исчезнувший в устроенном Язу и Лозом и погубившем их взрыве, возвращается к жизни в церкви Айрис.
Полное изложение
Два года спустя после событий игры Final Fantasy VII, планета только начинает восстанавливаться после атаки Метеора. Выжившие жители Мидгара создали новый город (названный «Эдж» — «Edge», что в переводе с английского значит «предел», «край»). По планете распространяется странная болезнь Геостигма (星痕症侯群, Seikon Shōkōgun).
Клауд Страйф образовал свою компанию Доставки Страйфа (Strife Delivery Service) вместе с Тифой Локхарт. Офис компании находится в баре Тифы, который также является приютом для детей, больных Геостигмой. Среди детей с Тифой живут Марлин Уоллес (приёмная дочь Баррета Уоллеса) и её друг — мальчик Дензел. Дензел и Клауд оба больны Геостигмой. Но Дензел борется с болезнью с помощью Тифы и Марлин, а Клауд, считая себя виновным в смерти его друзей — Аэрис и Зака — отдаляется от людей, чтобы не быть обузой для близких.
В начале фильма Клауда атакуют три человека, которые думают, что он знает, где находится их потерянная мать. Клауд не понимает, о чём они говорят, битва резко прекращается, когда один из них отзывает назад своих напарников, и они уезжают. Клауд получает телефонный звонок от Тифы, которая передаёт ему сообщение Руфуса с просьбой о помощи. Он едет к бывшему главе компании Син-ра и узнает, что трое напавших были бандой Кадажа. Руфус просит Клауда вновь поступить на службу Син-ра, но Клауд отказывается и уходит. Затем к Руфусу приходит Кадаж, обезвредив его охранников, двоих Турков — Рено и Руда — и снова пытается выяснить местонахождение своей «матери». Мы узнаем, что под «матерью» подразумеваются клетки Дженовы, как-то связанные с Геостигмой. Кадаж ищет «мать» для воссоединения с Дженовой, он даёт понять Руфусу, что является духом Сефироса.
Кадаж(Kadaj), Лоз(Loz) и Язу(Yazoo) собирают детей, больных Геостигмой, обещая помочь им, и увозят в Забытую Столицу. Битва Тифы и Лоза в церкви Аерис заканчивается поражением Тифы, от смерти её спасла Марлин. Она бросила в Лоза шариком с материей, направив его интерес на себя. Лоз забирает Марлин по указанию Кадажа, хотя она и не больна, и ящик с материей, который принадлежал Клауду. Клауд пытается спасти похищенных детей, но не может, и ему помогает Винсент Валентайн, забирая его с места боя. От Винсента Клауд узнает, что Геостигма вызвана ответной реакцией иммунной системы человека на внедрившиеся в жизненный поток организма клетки Дженовы. Винсент рассказывает Клауду свои идеи о том, чего ищет Кадаж и к чему это может привести. Марлин, сбежавшая от Кадажа в то время, пока он с Лозом и Язу были заняты в схватке, пытается убедить Клауда вернуться домой, и в конце концов, они возвращаются в Эдж, где и происходят последующие главные битвы с Кадажем и Сефиросом.
В Эдж Кадаж и его банда оккупируют монумент на площади в середине города с помощью детей. Кадаж распугивает собравшуюся недовольную и протестующую толпу вызванными духами — монстрами в виде фантастических собак. Позже он вызывает огромное чудовище — Бахамут. Пока Баррет, Ред XIII, Кэтт ши, Сид, Винсент Валентайн и Юфи пытаются уничтожить Бахамута, Руд и Рено дерутся с Лоз и Язу. Затем приезжает Клауд и с помощью своих друзей уничтожает Бахамута и других монстров. В это время Руфус разговаривает с Кадажем. Кадаж узнает, что Руфус скрывал от него мать. Глава Син-ра бросает контейнер с клетками Дженовы с 13 этажа и, уворачиваясь от атаки Кадажа, падает вслед за контейнером. Кадаж бросается вниз, чтобы поймать мать, но прицельным выстрелом Руфус попадает в контейнер. Кадаж ловит контейнер и уезжает с Лоз и Язу, преследуемый Клаудом. Руфуса спасают от падения Елена и Цзэн, которые перед этим были похищены Кадажем и освобождены Винсентом Валентайном. Клауд догоняет Кадажа, перед этим уничтожив оружиеЛоз и Язу и один из их мотоциклов. Клауд и Кадаж падают со старой автострады и далее едут по развалинам Мидгара. Кадаж останавливается в церкви Аерис и понимает, что почти все клетки матери вылились из контейнера из-за повреждений от выстрела Руфуса. Клетки Женовы вызывают дождь в церкви, который излечивает Геостигму Клауда, и он отправляется за Кадажем. После того, как Кадаж почти проиграл в схватке с Клаудом, он открывает контейнер с клетками Дженовы и говорит Клауду: «Я покажу тебе моё воссоединение [с матерью]». Под воздействием Дженовы дух Кадажа становится Сефиросом. Сефирос говорит Клауду о своих намерениях — он хочет использовать планету, чтобы путешествовать на ней по космосу в поисках планеты, подходящей для создания нового мира. Теперь судьба планеты зависит только от Клауда. Исходом продолжительной трудной битвы становится поражение Сефироса, который говорит, что не останется только воспоминанием Клауда и вновь становится Кадажем. Кадаж больше не в состоянии сражаться, и на руках брата — Клауда — под дождём он возвращается в жизненный поток, к матери. Дождь идёт над городом, и жители, как только на них попадают капли воды, излечиваются от Геостигмы. Друзья на корабле Сьерра радуются победе Клауда. Клауд смотрит на Сьерру, когда Язу стреляет ему в спину со словами: «Тебе тоже пора домой». Язу и Лоз вызывают взрыв, используя силы материи, и уходят вслед за Кадажем.
Клауд приходит в себя, окружённый мягким белым светом. Он тихо произносит «мать». Голос Аерис отвечает ему: «Почему все называют меня матерью?». Зак возражает: «Наверное, они просто тебя любят». Аерис отвечает: «Зачем мне такой большой ребёнок», и Зак говорит, что для Клауда ещё не пришло время. Клауд открывает глаза в церкви Аерис, его раны зажили. Вокруг него стоят дети, он поднимается в воде почти по пояс и видит своих друзей, которые одобрительно ему кивают. Клауд берет Дензела и поливает ему на голову воду, которая излечивает Геостигму. Оставшиеся дети радостно прыгают в воду. Клауд поднимает глаза и видит, как Аерис помогает каким-то детям. Она встает и уходит, остановившись в дверях и обернувшись. Она улыбается и говорит, что теперь с Клаудом все в порядке. Аерис и Зак уходят и пропадают в белом свету. Клауд улыбается и соглашается, говоря что теперь он не один.
Final Fantasy: Advent Children – сюжет. 
